根据红曲霉菌的性质，本文采用无菌过滤法收集经研磨后的红曲米中的红曲霉孢子悬液，运用平板稀释法，实现了从红曲米中简易分离红曲霉。根据红曲霉的生物学特征，总结出分离红曲霉的原理以及分离培养基的设计与制作，分离纯化的技术方法及过程。培养结果表明：红曲霉是一种耐酸、耐热、耐乙醇的霉菌。纯化后的红曲霉在培养基上的菌落呈圆形，在30℃培养下，48h后开始生长，菌落初为白色，进而变为淡粉色、红色，直接紫红、暗红，但菌落边缘为白色。培养12天后整个菌落呈深红色。显微镜镜检观察菌丝，菌丝有横隔，多核，分支甚繁，分生孢子排列呈链状，分生孢子顶端有球形闭囊壳。红曲霉经过分纯后，针对发酵液培养基中不同碳源、氮源、pH分别进行单因素五水平的试验，确定三个较好的水平，再进行三因素三水平的正交试验以确定红曲霉产红曲色素的最佳条件。在单因素试验中，碳源以玉米粉、淀粉、麦芽浸粉较好；氮源以硝酸钠、大豆粉、蛋白胨较好；pH以3.2、4.0、 4.8较好。通过三水平三因素正交试验，确定红曲霉产红曲色素的最佳培养条件为A1B2C2，即玉米粉、硝酸钠、pH4.0为最佳组合。
表2结果表明：玉米粉作为碳源时所产色价最高，葡萄糖作为碳源时所产色价不高，蔗糖所产色价最低。麦芽浸粉和可溶性淀粉所产的色价也较高。故玉米粉、可溶性淀粉、麦芽浸粉均可作为红曲霉产红曲色素的理想碳源。
根据单因素结果的分析，选择碳源、氮源、pH三因素为参考因素，其余成分同发酵培养基。通过正交试验来选择较优的组合，考察的指标为水溶性和醇溶性色素在510nm处的OD值，结果见表7。
实验结果表明：氮源是影响红曲霉产红曲色素的最关键因子，其次是碳源，再次是pH。1、3、7这三组水平红曲霉所产的菌丝量较多；而1、2、8这三组水平红曲霉所产红曲色素的色价较高；4号水平所产的红曲霉菌丝量和红曲色素
在分纯得到红曲霉菌种方面，单孢子分离技术是关键，而在单孢子分离技术中关键的是要得到足够稀释度的孢子悬液，最好是每个培养皿中的孢子数量不要超过10个，如果太多或者太密

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