本论文利用上海来益生物药物研发中心的植物内生菌资源，通过抗菌模型的筛选，获得多株活性功能菌株，对其中一株活性较高的HCCB3616进行了菌种鉴定。主要研究工作包括以下几个方面：
对内生真菌HCCB3616进行分离和培养，观察菌体的形态特征。提取它的染色体DNA，进行PCR扩增，以确定其种属分类地位。
本文采用18S rDNA序列测定与传统形态学观察相结合的方法，对活性菌株HCCB3616进行分类鉴定，各种指标鉴定其为链格孢霉属（Alternaria sp.）。
（1）将已长好的斜面接种于装有25ml PDA液体培养基的250ml三角瓶中，28℃、220rpm培养48h后，离心（10000rpm，10min，4℃），弃去上清，吸干残余液体，使深沉尽可能干燥。
（2）取2g湿菌体于研钵中研磨后，转入10ml的离心管中，加入2ml 65℃预热并已加入1%巯基乙醇的2×CTAB提取缓冲液，轻轻摇动离心管使菌丝体在提取缓冲液中均匀分散，65℃温浴1h并不时转动离心管。
（3）混合物冷却后加入等体积的苯酚/氯仿（v/v，1∶1），混匀，分装并离心（12000rpm，2min）。
（4）取上层清液于另一离心管，若中间蛋白层较厚，重复（3）操作。
（5）加入1/10体积的醋酸钠（3mol/L，pH5.4）和0.6体积的异丙醇，轻轻混匀至DNA沉淀。
（6）用封口毛细管缠起染色体DNA。
（7）用1ml 70%的乙醇洗涤DNA30s。
（8）重悬DNA于1ml TE缓冲液，经适当稀释后，分别于260nm和280nm测DNA样品的A值，样品保存于4℃冰箱中。用光路为1.0cm比色杯测量DNA的浓度时，可根据如下公式计算：
DNA（μg/ml）=A260×50×稀释倍数

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